宝藤医学PPmeta案例追踪十mNGS检

近期，宝藤生物通过感染宏基因组检测（PPmeta?）从一位25岁肺部感染的男性患者的肺泡灌洗液中检测到嗜肺军团菌（分别选择右下段和左上舌段肺泡灌洗液两份样本，感染宏基因组分别检测到88条和条序列）。

感染宏基因组检出结果（样本为右下段肺泡灌洗液）

感染宏基因组检出结果（样本为左上舌段肺泡灌洗液）

嗜肺军团菌

病原学

军团菌科包括超过50个种、超过70个血清型。嗜肺军团菌（Legionellapneumophila）引起80％～90％的人类感染，包括至少16个血清型；人类感染中最常见血清型为1、4和6型。军团菌科为需氧革兰阴性杆菌，常规培养基上不生长，缓冲液木炭酵母提取物（BCYE）琼脂是用于培养军团菌的培养基。嗜肺军团菌自然存在于水体中，包括湖泊和溪流。

流行病学

社区获得性肺炎：军团病的发病率取决于水库的污染程度、暴露于水库水的人的免疫状态、暴露强度以及指导正确诊断的实验室检查是否可得。许多前瞻性研究将军团菌列为社区获得性肺炎的四大病原体之一，其占病例总数的2％～13％（肺炎链球菌、流感嗜血杆菌和肺炎衣原体通常依次排在第一、二和第三位）。

医院获得性肺炎：医院的供水系统经军团菌定植后，可导致10％～50％的医院获得性肺炎病例。军团病的危险因素包括吸烟、慢性肺病、高龄、既往住院且在肺炎症状出现前10日内出院，以及应用免疫抑制。易患军团病的免疫抑制情况包括移植、HIV感染和糖皮质激素或肿瘤坏死因子α拮抗剂治疗。

移植受者肺炎：移植受者似乎患军团菌肺炎的风险很高。鉴于对有肺炎症状的机会性病原体的大量检查以及该患者群体的长期免疫抑制治疗，这种风险升高可能是由于诊断偏倚。军团病通常发生于移植后3个月。移植受者胸部影像学中空洞出现概率更高，死亡率也更高。

临床表现

庞提阿克热是一种急性、自限性、流感样疾病，潜伏期是24~48小时，不伴肺炎。最常见的症状有不适、疲劳和肌痛，发生于97%的病例中。发热（通常伴有寒战）发生率为80%~90%，头痛发生率为80%，其他症状（发生率少于50%）包括关节痛、恶心、咳嗽、腹痛和腹泻。

军团病（肺炎）：军团病潜伏期为2~10日，通常与肺炎衣原体、鹦鹉热衣原体、肺炎支原体、柯氏柯克斯体和一些病毒引起的肺炎一起，作为“非典型肺炎”的鉴别诊断。患者普遍有超过40℃的高热，症状和体征可以轻至轻度咳嗽和轻微发热，重至广泛肺部浸润、多系统衰竭和昏迷。

肺外军团菌病：由于在几乎所有病例中，军团菌入侵的门户都是肺部，所以肺外表现通常是由来自肺部的血源性传播引起的。已在尸体解剖的淋巴结、脾脏、肝脏及肾脏中鉴定出军团菌。军团菌引起的鼻窦炎、腹膜炎、肾盂肾炎、皮肤软组织感染、脓毒性关节炎和胰腺炎主要在免疫抑制患者中出现。

诊断

染色

无菌部位标本（如胸腔积液或肺组织）革兰染色偶有提示作用，病原体在镜下表现为小的、多形性的、模糊的革兰阴性杆菌。

培养

确诊军团菌感染的方法是自呼吸道分泌物中分离出细菌，然而培养需要3～5日。培养基中添加抗微生物制剂可抑制来自非无菌部位的竞争菌群的生长，且染料使菌落着色并有助于鉴定。

抗体检测

急性期和恢复期血清抗体检测为必要。滴度上升四倍有诊断意义。一般需12周方可检测出抗体反应。肺炎患者单份血清滴度为1∶可作为军团病间接证据。CDC使用1∶的滴度作为诊断军团病的初步证据。

尿抗原

尿中军团菌可溶性抗原的检测在敏感性方面仅次于培养，并且高度特异。

分子生物学方法

采用DNA探针的聚合酶链式反应（PCR）。

治疗策略

因军团菌是细胞内病原体，故能达到细胞内高浓度的抗感染药物最有可能有效。大环内酯类（特别是阿奇霉素）和呼吸喹诺酮类药物是目前首选的抗感染药物，且单药治疗有效。与红霉素相比，新大环内酯类的体内活性、细胞内活性以及呼吸道分泌物和肺组织浓度均较高，且副作用较小。备选药物包括四环素以及其类似物多西环素和米诺环素。庞提阿克热只需对症治疗，无须抗感染治疗。

宝藤PPmeta?-感染宏基因组检测

谱析源TM

检测内容：直接对样本中的DNA进行高通量测序，鉴定样本中可能存在的病原菌，辅助临床决策。覆盖细菌、真菌、DNA病毒、寄生虫、衣原体、立克次氏体、螺旋体等种微生物。

报告周期：收到样本后29-72h

宏析源TM

检测内容：直接对样本中的DNARNA进行高通量测序，鉴定样本中可能存在的病原菌，辅助临床决策。覆盖细菌、真菌、病毒、寄生虫、衣原体、立克次氏体、螺旋体等种微生物。

报告周期：收到样本后29-72h

参考文献及书籍

《哈里森感染》第56章军团菌感染

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